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La Universidad San Pedro se crea el 25 de junio de 1988, mediante ley N° 24871, como una institución sin fines de lucro, al amparo de la ley N°23733, consolidada por Decreto Legislativo N° 25969.
La Asociación Civil Promotora San Pedro conformada por personas honorables como el Padre Lino Dolan, el Dr. Lucio Tito Soria, el Cnel. Guillermo Vidal Rivadeneira, el CPC Hoover Chávez Velarde y la Q.F. Elena Quiñones, designan por concurso a los miembros de la Comisión Organizadora que estuvo conformado por el Dr. Juan García Cribilleros como Presidente, por la Dra. Lidia Marina Lizarzaburu de Campos como Vicepresidente Académica y por el Ph. D. José María Huamán Ruiz Vicepresidente Administrativo, culminando la organización a fines de 1992.

El 3  de noviembre de 1993, la Asamblea Nacional de Rectores mediante resolución N°648-93-ANR, otorga la autorización de funcionamiento definitivo a la universidad y el uso de su plena autonomía académica, económica y administrativa en base al Art. 18 de la  Constitución Política del Perú y Ley Universitaria.

Conformada la Asamblea Universitaria, el 17 de mayo de 1994, se elige el primer Rector, Dr. Jorge Arturo Benites Robles, quien gobernó por dos períodos con sus Vicerrectores Académico Dr. Arnulfo Becerra Alfaro y Dr. Julio Becerra Rojas y el Mg. Javier Azparrent Taipe como Vicerrector Administrativo.

La Universidad San Pedro desde su inicio ha venido cumpliendo un importante rol protagónico en el desarrollo económico, social y cultural del norte del Perú, logrando acreditar en el año 2003, a la Facultad de Medicina Humana, un proceso que la constituyó como la primera universidad de provincias en conseguir su acreditación en el país y la segunda a nivel nacional.

El 18 de mayo de 2004 prestó juramento como Rector el Dr. Jorge Morales Chincha y en su condición de Vicerrector Académico  el Ph. D. José María Huamán Ruiz y Vicerrector Administrativo Dr. Víctor Berrospi Plascencia. Durante este período la universidad logra reconocer y acreditar ante la Asamblea Nacional de Rectores a sus cuatro filiales: Filial Lima, Filial Piura, Filial La Libertad y Filial Cajamarca, labor que fue conducida por el Vicerrector Académico.

La Asamblea Universitaria el 25 de enero de 2008 eligió al Ph. D. José María Huamán Ruiz, como nuevo Rector de la USP, para el periodo 2008- 2013. Durante esta gestión la Universidad San Pedro logra un alto desarrollo en lo académico, se promueve la investigación científica y se intensifica la proyección social hacia los sectores más necesitados, especialmente en el campo de la salud a través del Policlínico Docente, al sector empresarial, se desarrolló la internacionalización mediante convenios con importantes Universidades extranjeras, y se posesiona como una institución inteligente y con alta responsabilidad social.

El 25 de enero del 2013, la Asamblea Universitaria ratifica su confianza al Ph. D. José María Huamán Ruiz y lo elige nuevamente como Rector para el período 2013-2018. El Dr. Huamán Ruiz es egresado de la Universidad Nacional Federico Villarreal de la Facultad de Ciencias Sociales y Administrativas; hizo estudios en una de las mejores universidades de Rusia donde obtiene el Titulo de economista y el grado de Doctor en Filosofía (Ph. D.), también tiene el título de Economista de la Universidad Nacional de San Marcos y está reconocido por la UNESCO. En este nuevo período su tarea fundamental es llevar adelante la autoevaluación y acreditar a las 21 carreras profesionales cumpliendo con los estándares internacionales de calidad.