La Universidad San Pedro se crea el 25 de junio de 1988, mediante ley N° 24871, como una institución sin fines de lucro, al amparo de la ley N°23733, consolidada por Decreto Legislativo N° 25969.
La Asociación Civil Promotora San Pedro conformada por personas honorables como el Padre Lino Dolan, el Dr. Lucio Tito Soria, el Cnel. Guillermo Vidal Rivadeneira, el CPC Hoover Chávez Velarde y la Q.F. Elena Quiñones, designan por concurso a los miembros de la Comisión Organizadora que estuvo conformado por el Dr. Juan García Cribilleros como Presidente, por la Dra. Lidia Marina Lizarzaburu de Campos como Vicepresidente Académica y por el Ph. D. José María Huamán Ruiz Vicepresidente Administrativo, culminando la organización a fines de 1992.

El 3  de noviembre de 1993, la Asamblea Nacional de Rectores mediante resolución N°648-93-ANR, otorga la autorización de funcionamiento definitivo a la universidad y el uso de su plena autonomía académica, económica y administrativa en base al Art. 18 de la  Constitución Política del Perú y Ley Universitaria.

Conformada la Asamblea Universitaria, el 17 de mayo de 1994, se elige el primer Rector, Dr. Jorge Arturo Benites Robles, quien gobernó por dos períodos con sus Vicerrectores Académico Dr. Arnulfo Becerra Alfaro y Dr. Julio Becerra Rojas y el Mg. Javier Azparrent Taipe como Vicerrector Administrativo.

La Universidad San Pedro desde su inicio ha venido cumpliendo un importante rol protagónico en el desarrollo económico, social y cultural del norte del Perú, logrando acreditar en el año 2003, a la Facultad de Medicina Humana, un proceso que la constituyó como la primera universidad de provincias en conseguir su acreditación en el país y la segunda a nivel nacional.

El 18 de mayo de 2004 prestó juramento como Rector el Dr. Jorge Morales Chincha y en su condición de Vicerrector Académico  el Ph. D. José María Huamán Ruiz y Vicerrector Administrativo Dr. Víctor Berrospi Plascencia. Durante este período la universidad logra reconocer y acreditar ante la Asamblea Nacional de Rectores a sus cuatro filiales: Filial Lima, Filial Piura, Filial La Libertad y Filial Cajamarca, labor que fue conducida por el Vicerrector Académico.

La Asamblea Universitaria el 25 de enero de 2008 eligió al Ph. D. José María Huamán Ruiz, como nuevo Rector de la USP, para el periodo 2008- 2013. Durante esta gestión la Universidad San Pedro logra un alto desarrollo en lo académico, se promueve la investigación científica y se intensifica la proyección social hacia los sectores más necesitados, especialmente en el campo de la salud a través del Policlínico Docente, al sector empresarial, se desarrolló la internacionalización mediante convenios con importantes Universidades extranjeras, y se posesiona como una institución inteligente y con alta responsabilidad social.

El 25 de enero del 2013, la Asamblea Universitaria ratifica su confianza al Ph. D. José María Huamán Ruiz y lo elige nuevamente como Rector para el período 2013-2018.

En elecciones democráticas realizadas en Diciembre del año 2017 se eligió al Dr. Gilmer Augusto Díaz Tello para ocupar el cargo de Rector para el período hasta enero del año 2023. En este nuevo período su tarea fundamental es llevar adelante la auto evaluación, acreditar todas los programas de estudios y lograr el tan ansiado licenciamiento, cumpliendo con los estrictos estándares de calidad.

El 26 de Enero del 2023 El Dr. Luis Venegas Gordillo asumió el cargo de Rector interino de la Universidad San Pedro hasta el 30 de abril del presente año. El Dr. Venegas Gordillo llevará las riendas de la Universidad San Pedro al ser el docente principal más antiguo de la Asamblea Universitaria Sampedrana y en concordancia con el estatuto vigente y la Ley Universitaria 30220.

Junto al Dr. Luis Venegas Gordillo juramentaron los nuevos integrantes del Tribunal de Honor y el Comité Electoral Universitario, quienes deberán programar en el corto plazo las elecciones para Rector y Vicerrectores que asumirán sus cargos por los próximos 5 años.